Casey Stoner begon ook in Estoril als snelste aan de eerste vrije trainingsessie in de MotoGP klasse en was 0,312s sneller dan Valentino Rossi.
In de beginfase was het Carlos Checa die even de lijst aanvoerde maar al snel was het Stoner die Checa van zijn plaats verdreef. Later was Rossi, die we rekenkundig gezien nog steeds tot titelrivaal moeten rekenen, nog even wat sneller maar uiteindelijk was het toch weer Stoner die in laatste van zijn 22 ronden een 1’38.105 noteerde en daarmee dus ruim drie tienden sneller was dan Rossi. Rossi’s teamgenoot Colin Edwards zat er ook goed bij maar zag in de laatste fase Randy de Puniet met een duizendste verschil nog voorbij komen. Carlos Checa bleef in deze sessie in de voorste regionen bivakkeren en was uiteindelijk goed voor de vijfde tijd maar wel op ruim drie tienden achter de Texaan.
De rest van de top tien, te beginnen met John Hopkins en daarachter Dani Pedrosa, Nicky Hayden, Shinya Nakano en Marco Melandri, zitten een stuk dichter op elkaar waarbij Hayden de eerste rijder was die meer dan een seconde achterstand op Stoner had.
