De strijd op de Sachsenring voor de pole positie was er weer een tussen Valentino Rossi en Jorge Lorenzo met een bijrol voor Casey Stoner. Rossi pakte uiteindelijk met zijn allerlaatste ronde de pole.
Het was nog steeds nat toen de MotoGP rijders aan hun kwalificatie begonnen en zoals wel vaker probeerde Casey Stoner meteen in het begin een aantal snelle ronden neer te zetten maar deze keer bleef de Australiër niet lang aan de kop staan want al snel waren het eerst Valentino Rossi en daarna Alex de Angelis die in de eerste 20 minuten de dienst uitmaakten. Daarna was het weer even Stoner voordat Jorge Lorenzo voor de eerste keer naar de snelste tijd kwam en in feite daarna de rest van de sessie domineerde.
Stoner kwam nog een maal naar de snelste tijd maar dook daarna de pitbox in en kwam er niet meer uit omdat het wat harder begon te regenen en de Australiër geen risico wilde nemen. Lorenzo wist al snel weer naar de voorlopige pole te komen en omdat het harder begon te regen leek de klus geklaard voor de Spanjaard.
Rossi liet echter een kwartier later zien dat het wel degelijk sneller kon waarna ook Lorenzo er weer voor ging zitten en met zeven minuten te gaan weer de pole pakte. Lorenzo zou daarna nog een keer zijn tijd verbeteren en leek op de pole af te stevenen toen Rossi met zijn allerlaatste ronde maar liefst zes tienden sneller rond ging dan zijn Spaanse teamgenoot en zo een duidelijk statement afgaf wie ook al weer de nummer 1 binnen het team is.
Stoner was zoals gezegd in zijn pitbox gebleven terwijl zijn teamngenoot Nicky Hayden na een langzame start in de tweede helft op stoom begon te komen en stapje voor stapje verder naar voren kwam en op een vierde plaats uit kwam. Het gat naar Stoner was echter nog zes tienden en dat had mogelijk nog wat kleiner kunnen worden als Hayden in een wat snellere ronde niet met een highsider van zijn Ducati werd geworpen en tijdens zijn vlucht met zijn lichaam tegen de voor hem rijdende Niccolo Canepa klapte waarna beide rijders de grindbak in tuimelden. Canepa leek zich het meeste pijn te hebben gedaan maar de laatste berichten zijn dat beide rijders ongedeerd zijn.
Naast Hayden en Canepa waren er nog een flink aantal crashes. Toni Elias, de Angelis, Marco Melandri en Loris Capirossi gingen allemaal in dezelfde bocht (bocht 8) als Hayden en Canepa onderuit waarbij de machines van de twee Honda Gresini rijders zonder passagier hun weg vervolgden en hard in de airfence klapten. Canepa was overigens eerder in de sessie ook al een keer onderuit gegaan en ook Randy de Puniet schoof eerder in de sessie onderuit.
Ondanks zijn crash wist Hayden wel zijn vierde startplaats vast te houden en dat is een opsteker voor de Amerikaan die eindelijk zijn draai op de Ducati lijkt te hebben gevonden. Naast Hayden staan ook de Angelis en de Puniet op de tweede startrij. Colin Edwards, Dani Pedrosa en Capirossi vormen de derde startrij voor Mika Kallio.
