Net als in Japan nam Valentino Rossi in de eerste vrije training de snelste tijd voor zijn rekening, de Italiaan was in Maleisi een tiende sneller dan Andrea Dovizioso met Jorge Lorenzo op een derde plaats.
Met 38 graden en een baantemperatuur van 54 graden kregen de MotoGP rijders het weer flink voor hun kiezen. Desondanks waren de verschillen tussen de 16 rijders klein want de eerste twaalf rijders zaten binnen een seconde van de snelste tijd terwijl het hele veld binnen 1,3s zat.<br /><br />Snelste vandaag was Valentino Rossi nadat eerst Casey Stoner en Jorge Lorenzo in het begin snelle tijden hadden weten te noteren. Iets meer dan een kwartier in de sessie kwam Rossi voor de eerste keer naar de snelste tijd, halverwege zou de Fiat Yamaha rijder zijn tijd nog een keer aan weten te scherpen voordat Andrea Dovizioso naar de snelste tijd wist te komen.
Dovizioso bleef vervolgens tot de laatste tien minuten op kop staan terwijl een groot deel van het veld in de pitbox zat voor wat verkoeling en aanpassingen aan de motor. Rossi had ook weer wat goede aanpassingen laten doen en kwam met nog tien minuten op de klok terug naar de snelste tijd, een 2Õ02.724, waarmee hij 0,109s sneller was dan de Repsol Honda rijder en dat werd niet meer verbeterd.<br /><br />Jorge Lorenzo wist weer een goed racetempo te noteren en kwam daarmee naar een derde tijd op 0,174s achter Rossi met daarachter Stoner die in het begin nog even onderuit was geschoven. Alvaro Bautista noteerde een vijfde tijd met de Suzuki waarvan overigens geruchten gaan dat de fabrikant volgend seizoen maar een machine zal inzetten. Colin Edwards werd zesde voor Marco Melandri, Aleix Espargaro, Ben Spies en Randy de Puniet.