Dani Pedrosa leek weg te lopen met de overwinning in Laguna Seca maar op het laatst werd het toch nog spannend toen Rossi steeds dichterbij kwam. De Repsol Honda rijder wist de Yamaha rijder echter achter zich te houden en pakte zo zijn eerste MotoGP zege van 2009.
Zoals we wel vaker zien maakte Dani Pedrosa een bliksemstart om meteen de leiding te pakken voor Casey Stoner, Valentino Rossi, Toni Elias, Andrea Dovizioso, Colin Edwards, Nicky Hayden en Jorge Lorenzo. Al in de eerste ronde zette Rossi de Yamaha in de corkscrew voor de Ducati van Stoner maar twee ronden later pakte de Australiër die positie terug om vervolgens tot in de twaalfde ronde die tweede plaats vast te houden terwijl Pedrosa steeds wat meer voorsprong kreeg.
Achter Pedrosa, Stoner en Rossi was het een tijdje Dovizioso die de vierde plaats vast wist te houden terwijl Lorenzo steeds wat dichterbij kwam met in zijn kielzog Elias en Hayden. Nadat Gabor Talmacsi in de derde ronde onderuit was gegaan en Loris Capirossi iets later eveneens onderuit ging ook Dovizioso in de zesde ronde onderuit waardoor Lorenzo de vierde plaats in zijn schoot geworpen kreeg. Een ronde later zou overigens ook Sete Gibernau nog ten val komen terwijl we een paar ronden later ook James Toseland kwijt waren nadat hij na een jumpstart niet op tijd was binnengekomen en hierdoor gediskwalificeerd werd.
Terwijl Pedrosa steeds meer voorsprong kreeg kwam Lorenzo steeds dichterbij aan Stoner en Rossi. Op het moment dat Pedrosa te veel voorsprong begon te krijgen greep Rossi zijn kans en passeerde hij Stoner maar het lukte de Italiaan niet om het gat naar Pedrosa helemaal te dichten, het werd eigenlijk alleen nog maar groter en zou oplopen tot 3,3 seconden.
Rossi nam op zijn beurt langzaam afstand van Stoner die Lorenzo op zijn dak kreeg en in de 20e ronde ook door de Spanjaard gepasseerd zou worden. Lorenzo zou vervolgens het gat naar zijn Italiaanse teamgenoot dicht weten te rijden en waagde in de 27e ronde een poging in de bocht voor start-finish. Lorenzo verloor bijna de controle over zijn Yamaha M1 maar bleef wonderwel overeind en kon weer opnieuw beginnen met het dichtrijden van het gat.
Lorenzo zou verrassend genoeg weer dichterbij komen aan Rossi die op zijn beurt in de laatste paar ronden steeds dichterbij Pedrosa kwam. Bij het ingaan van de laatste ronde was het onderlinge verschil 1,5s tussen Pedrosa en Rossi en 0,6s tussen Rossi en Lorenzo maar in die laatste ronde zou Rossi het gat naar de Spanjaard zo goed als dichtrijden om in de laatste bocht nog een poging te wagen maar hij bleek net niet dichtbij genoeg te zijn. Rossi zou 0,3s achter Pedrosa de finish passeren met Lorenzo daar weer 1,5s achter.
Stoner kreeg waarschijnlijk weer te maken met gezondheidsproblemen en zakte nadat Lorenzo hem gepasseerd was steeds verder terug maar het gat naar vijfde man Nicky Hayden was groot genoeg om als vierde te finishen. Hayden had Elias in de zevende ronde weten te passeren en wist de Spanjaard daarna op iets meer dan een seconde achter zich te houden. Elias rook zijn kans in de laatste paar ronden en wist steeds dichterbij maar niet voorbij de Amerikaan te komen.
Colin Edwards werd na een eenzame race op acht seconden achter Elias als zevende afgevlagd ruim voor Chris Vermeulen, Randy de Puniet en Marco Melandri. Verder wisten alleen nog Alex de Angelis en Nicollo Canepa deze race uit te rijden.
